Comuni accorpati, documenti con il luogo di nascita variato

Sono un cittadino italiano, residente all'estero e iscritto all'Aire (Anagrafe italiana degli italiani residenti all'estero). Il mio passaporto riporta come luogo di nascita il Comune X, mentre la carta d’identità e l'atto di nascita riportano il Comune Y. Mi è stato detto che le Questure usano un database diverso rispetto a quello dei Comuni, e che l'allora comune Y è stato accorpato in quello X. Questo mi ha comportato, e ancora mi comporta, problemi all'estero, perché, per esempio, in Olanda e in Germania mi è stata rifiutata la residenza a causa di tale discrepanza tra passaporto e atto di nascita. Ho contattato la Questura del mio ultimo Comune di residenza, e mi è stato detto che l'ente non può fare alcunché, perché sono iscritto all'Aire, e che devo rivolgermi al consolato. Ma al consolato mi hanno detto che la questione è di competenza dell'anagrafe comunale. I Comuni, sia quello di nascita che l'ultimo Comune di residenza in Italia, sostengono che i loro dati sono corretti e che mi devo rivolgere alla Questura. Si può sanare questa situazione?