I documenti per l'agibilità e il silenzio-assenso

Sono un geometra libero professionista. Alcuni miei clienti hanno costruito una villetta e, dopo la fine dei lavori, hanno chiesto l'agibilità (in data 12 agosto 2006). Il Comune, però, ha chiesto un'integrazione, sospendendo i termini notificando una lettera (in data 8 settembre 2006). Siccome le norme affermano che i tempi possono essere interrotti solo una volta nei 15 giorni dalla presentazione della domanda, e in questo caso non sono stati rispettati i tempi da parte dell'amministrazione (cioè i 15 giorni), si è acquisita automaticamente l'agibilità, tramite silenzio-assenso? Se invece così non fosse, ora si dovrebbe presentare una Scia o basta portare le integrazioni un tempo richieste?