L'istanza di permesso non si può archiviare d'ufficio

In un Comune della nostra provincia è stata fatta richiesta di permesso di costruire per la realizzazione di una tettoia nel giardino di pertinenza dell’abitazione. L’ufficio ha chiesto, a integrazione dell’istanza, la presentazione della relazione idrogeologica, concedendo 30 giorni per la sua presentazione. Questa relazione è stata presentata oltre i termini richiesti; nel frattempo, il Comune aveva già archiviato la pratica, non emanando alcun provvedimento di diniego. Vorrei sapere se tale procedura è corretta. Non avendo il Comune emanato alcun provvedimento, ma solo archiviato la pratica, può il cittadino fare richiesta di riesame della stessa, senza inoltrare un’altra istanza in bollo col relativo versamento dei diritti di segreteria, considerato che tutta la documentazione richiesta è completa ed è già agli atti del Comune, anche se un solo documento (la relazione idrogeologica) è stato presentato con ritardo?