Lo schema d'atto delle Entrate per il credito R&S certificato

Una Srl ha presentato progetti di R&S per gli anni 2017-2018-2019 i cui crediti sono stati utilizzati negli anni 2018-2019-2020. Nel 2021 l'agenzia delle Entrate invia una richiesta di informazioni e documentazione cui viene data risposta nei termini fornendo tutto quanto richiesto. Il 1° ottobre 2024 viene notificato, tramite Pec, uno schema d'atto (non atto impositivo) che contesta l'inesistenza del credito cui non seguono controdeduzioni. Avendo già dato incarico a un certificatore iscritto all'Albo dei certificatori, la Srl presenta, il 22 ottobre 2024, tre certificazioni al Mimit (ministero delle Imprese e del made in Italy) che, trascorsi i 90 giorni dalla presentazione, devono ormai ritenersi valide. A questo punto che cosa può succedere? La Srl deve attendere che le venga contestato un Pvc? Avendo la certificazione, può scongiurare la contestazione di credito R&S inesistente ma eventualmente non spettante? L'agenzia delle Entrate e il Mimit si scambiano informazioni in merito?